PHP_CodeSniffer

Installation :
pear install PHP_CodeSniffer

Il sert à vérifier que le code suit bien les normes de codage voulues.
PHP_CodeSniffer reconnait en standard les normes MySource, PEAR, PHPCS, Squiz and Zend.
On peut aussi coder sa propre norme.

Pour l'intégrer dans Eclipse, il suffit de déclarer un outil externe dans le menu RUN.
Nom : PHP_CodeSniffer
Location : C:\wamp\bin\php\php5.2.9-2\phpcs.bat (à adapter)
Working directory : C:\wamp\bin\php\php5.2.9-2 (à adapter)
arguments : ${resource_loc} --standard=Zend (remplacer resource_loc par project_loc si vous voulez vérifier sur tout le projet). Et remplacer Zend par le standard que vous voulez suivre.

Si vous voulez installer le standard Symfony, vous pouvez suivre ce guide en anglais.

PHPDocumentor

Il s'agit d'un outil pour documenter automatiquement le code PHP à partir de commentaires suivant un format précis dans le code. Il gère plusieurs format html, pdf, chm etc.
L'installation se fait avec pear install phpdocumentor (en supposant que vous avez installé PEAR).

Dans Eclipse on peut créer une commande Externe en allant dans le menu Run / External tools / External Tools Configuration.
Vous choisissez Program comme type de commande externe et New.
Définir le nom de l'ouil : PHPDoc par exemple
Définir le chemin de l'exécutable : C:\wamp\bin\php\php5.2.9-2\phpdoc.bat dans mon cas.
Définir le répertorie de travail ; C:\wamp\bin\php\php5.2.9-2 dans mon cas
Définir les arguments : -d "${project_loc}\include" -o HTML:Smarty:default -t "${project_loc}\help" pour scanner le répertoire include avec un rendu de type HTML sans cadre et le résultat stocké dans le répertoire help.

Il suffit après de se placer sur un projet et de faire run / External Tools / PHPDoc

Vous trouverez la documentation officielle en anglais sur www.phpdoc.org